朱明军教授精于心脏病中西医结合治疗。在从事医学临床、教学、科研多年中，熟读中医经典著作，纵各家之长，结合自己长期的医学临床经验，对心律失常、冠心病、慢性心衰等心脏常见病、疑难病的治疗有丰富的经验。尤其擅长应用现代介入治疗与中药有机结合治疗和抢救急危重心血管疾病，疗效优于单纯介入手术。开展了急诊PTCA及冠脉支架植入术治疗冠心病、急性心肌梗死，射频消融术治疗心律失常，永久性起搏器植入术治疗缓慢型心律失常、二尖瓣球囊扩张术治疗二尖瓣狭窄等，取得了良好的社会效益，使一附院在心血管疾病的中西医结合治疗方面达到了国内领先水平。 在对心血管病急、危、重症的抢救多年的临床实践中，总结研制出一系列治疗心血管病的专科中药制剂，获得良好的临床疗效。 近年来，潜心研究心力衰竭的中医药治疗，承担完成了国家中医药管理局“八五”攻关课题“心衰康颗粒治疗充血性心力衰竭的研究”，在心力衰竭的中西医结合研究方面取得了较大进展，达到了国内先进水平，使很多严重心力衰竭患者症状解除，生命质量得到改善。获得省、部级科技进步奖八项；在国家级医学刊物上发表学术论文三十余篇；撰写医学专著两部。