杨军教授主要进行颅底解剖与病变的手术入路和临床治疗研究，脑血管疾病、脑胶质瘤等的研究和治疗。协助于春江、石祥恩教授开展颅底解剖与手术入路、颅底病变的研究、教学和临床治疗工作，开展了鞍区病变如垂体瘤、颅咽管瘤等的微创经颅及单鼻孔-经蝶切除垂体瘤等的系统研究和治疗，蝶骨嵴、岩斜区、斜坡、颈静脉孔、颅颈交界区等部位的各种肿瘤如脑膜瘤、听神经瘤（大型、巨大型和小型）等一些高、精、尖的神经外科手术，手术技术与疗效达国内领先水平。先后在广东、江苏、山东、河南、河北及内蒙古等地开展了复杂的颅底病变手术或进行教学示范和（或）讲课。 杨军教授承担和参加了国家、省部、市等10余项科研课题，目前承担3项科研课题。在国内首先进行鞍区、海绵窦及眶尖两部位及交界区的显微解剖及影像学的研究工作。获科技成果奖4项，第一位受奖者获得省、部级科技进步二等奖1项，市级科技进步二等奖2项。参与编写著作、译文6部。在国内外专业期刊上发表论文三十余篇。培养及参与 指导硕士、博士等十余人。现主持北京市继续教育项目“全国颅底显微外科解剖班”教学工作。被聘为《中华外科杂志》、《中华医学杂志》及《山东大学学报（医学）》特约审稿人，《中国医刊》和《中国医生杂志》编委等。被有关部门评为“专业学科（科技）带头人”，“优秀中青年人才专项资金”赞助人员。