医院重点特色科室——眼科，经过多年的发展，现设有门诊、住院、儿童弱视斜视研究治疗中心及训练部、准分子激光治疗中心(PRK)及验光配镜部。眼科门诊除设普通门诊外，还有白内障、青光眼、小儿弱视、斜视、眼底病、眼外伤、角膜病、眼肌病、低视力、眼屈光等专家、专科门诊。为方便患者，特别是学龄青少年患者就诊，眼科节假日照常门、急诊、验光配镜。眼科系列设备包括眼科专用A-B超、白内障超声乳化仪、YAG激光仪、玻璃体切割机、准分子激光仪、O-CT等，准分子激光治疗中心是使用尖端科学技术——准分子激光，作角膜屈光手术(PRK、LASIK)治疗近视、远视与散光，该中心节假日照常开诊，以一流的仪器设备、雄厚的技术力量和优质的服务随时恭候您的到来。 　　中国科学技术大学医院已初具规模，固定资产达五千多万元，拥有现代化的医疗仪器设备，其中较大型的设备十多台套。如彩色多普勒超声、迈瑞医用X射线摄影系统(mindray DR.DigiEye760)、计算机X线摄影系统(AGFA CR25.0)、胶片打印机(AGFA 5302、富士激光)、医用诊断数字化胃肠机(BSX50AC-XP)、欧林巴斯胃镜、心脏急救监护仪、高频电刀、微血管吻合手术显微镜、全自动无分类血液分析仪、全自动尿液分析仪、全自动生化分析仪、全自动化学发光分析仪等。此外，医院十分重视信息管理，借鉴先进的管理经验，结合本院实际，2004年起建立了一套较为完善的电脑管理体系，分设门诊、药房、收费处、药库、总务系统并将辐射至病区、预防保健、病案管理等各个方面，努力向医院管理现代化迈进。 　　近年来，医院以“发展才是硬道理”的思路统揽全局，坚持“以病人为中心”为宗旨，不断提升服务品质、医疗质量、工作效率，取得了明显的社会效益、经济效益和管理效益。目前，医院广大职工正以饱满的热情、昂扬的斗志，以“再创业”的精神，为卫生事业的发展，与时俱进、开拓创新、不断进取。在党的十六大精神指引下，医院党政领导班子，将以“三个代表”的重要思想为指针，以新的面貌，精诚团结，带领全院员工继续走以病人为上帝，以医疗质量为核心的道路，强化科学管理，依靠科技进步，为建设全国一流的现代化高校医院作出新的贡献。