北京大学深圳医院原名“深圳市中心医院”，是深圳市政府投资4.5亿元人民币建成的现代化综合性医院。医院于1999年底建成开业，2001年9月，深圳市政府与北京大学、香港科技大学合作，医院更名为“北京大学深圳医院”和“北京大学深圳临床医学院”，纳入北京大学附属医院管理体系。 医院占地面积5.9万平方米，首期建筑面积10.8万平方米，编制病床800张，实际开放病床953张。医院总资产现已达到9.3亿元，拥有总价值超4.0亿元的现代化医疗设备。 医院现有员工近2000名。其中拥有副主任医师以上职称的高级技术人才近500名，硕士以上学位人员450名，有海外留学经历人员100名左右。 医院开设52个临床医技科室，其中1个国家级合作重点学科、1个省级重点实验室、1个省级特色医学专科、4个市级重点学科及实验室。医院开展的一大批医学高新技术和特色服务项目，吸引了深圳、香港、澳门以及周边地区的大批患者，还有来自全球36个国家和地区的外宾前来就诊。2010年医院年门急诊总量近230万人次，年出院病人近4.2万人次，年手术量2.4万台次。