经省卫生厅等有关上级部门批准，医院内设18个研究中心及研究室：
1.云南省临床检验中心；
2.云南省围产医学生殖遗传研究中心；
3.云南省肠内、肠外营养研究中心；
4.云南省临床分子生物学研究中心；
5.云南省血液病学临床研究中心；
6.云南省生殖医学研究中心；
7.云南省消化内镜研究中心；
8.云南省神经与精神医学研究所脑血管康复研究室；
9.云南省肝胆胰外科临床研究中心肝胆研究室；
10.云南省医学影像临床应用研究中心医学影像诊断研究室；
11.云南省胃肠动力研究室；
12.云南省肺癌临床治疗中心；
13.云南省临床外科..
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