协和临床医学院设有39个教研室、1个临床医学博士后流动站、18个博士学位授权点和32个硕士学位授权点，拥有博士生导师18位，硕士生导师85位。承担福建医科大学的临床医学、医学影像学、医学检验学、药学和护理学等专业的临床教学任务，每年还招收培养博士和硕士学位研究生120余名。 医院拥有大批国际先进医疗设备，如：德国西门子双源64层CT、16层CT、3.0T核磁共振，美国GE公司PET-CT、全数字化血管造影机（DSA）、双探头SPECT，美国瓦里安直线加速器及GE大孔径CT模拟定位机，美国准分子激光治疗仪、癫痫刀，德国多尼尔多力王者体外震波碎石治疗系统，法国双能全身骨密度仪，全身及头颅伽玛刀等，设备总值超过3亿元，其中100万元以上设备有42台。目前医院初步实现了管理电脑化及后勤服务社会化。 医院重视两个文明建设，加强职业道德教育，努力提高医疗服务质量，1994年被卫生部评为福建省首批“三级甲等医院”，并先后被授予“全国卫生系统先进集体”、“全国创建‘以病人为中心，优质服务’百佳医院”等称号。自2005年以来，医院深入开展了“以病人为中心，以提高医疗服务质量”为主题的医院管理年活动，使医院管理水平和医疗服务质量更上一个新台阶。医院全体医务人员秉承“严谨、求精、勤奋、奉献”的协和精神，竭诚为海内外人民的健康提供一流服务。