医院中医特色显著，优势突出，医院现拥有国家教育部“十一·五”重点学科3个：中医骨伤科学、中医内科学、中药学（中药制剂、中药临床药理）。国家临床重点专科2个：肝病科、骨伤科。国家“十二·五” 重点专科11个：肾病科、内分泌科、脾胃病科、心血管科、针灸科、肛肠科、肺病科、妇科、重症医学科、护理学、临床药学。中医急诊科是国家中医药管理局急诊基地，制剂室是全国中药制剂和剂改基地。 医院开设的70余个专病专科各具特色，独树一帜，享誉全国。近年来，医院坚持加强中医内涵建设，相继成立了“名医诊疗中心”、“传统诊疗中心”、“治未病中心”、“石氏伤科”、“柏氏肛肠科”、“蔡氏书屋”等科室。医院为切实做好名老中医药专家学术思想传承工作，建立了5个全国名老中医药专家传承工作室，12个上海市名中医工作室。 医院拥有多个重症监护室，医疗设施先进，内外科室齐全，已具备了较强的综合救治能力，成为上海市公共卫生防治体系六个重点单位之一、浦东地区三个急救中心之一。国家中医药管理局全国中医院质量监测中心和上海市中医医疗质量控制中心也设在院内。2010年医院成为上海世博会定点医院之一，承担了世博会C片区医疗站点的医疗保障任务。 医院现有职工总数1800余人，具有正高级职称102名，博士生导师41名。享受国务院特殊津贴的专家11名，入选国家级人才培养项目人员33名，担任全国和上海市专业医学会副主任委员以上的专家100余名。现拥有国家级、省级名中医15名、27名曙光名中医、26名曙光高级中医师，在充分发挥传统医学优势方面，形成了“名中医挂帅、高级中医师当家”的曙光特色。 医院以建设研究型医院为目标，现有研究所4个、临床研究室14个，中医药科研三级实验室5个、二级和一级实验室8个。成立了国家级重点实验室――肝肾病证省部共建实验室。具备国际标准的I期药物临床试验病房，完成了中国首例接受世界卫生组织委托的临床实验项目。自1995年以来，承担部级、国家级课题300余项，其中包括国家863课题1项，国家重大专项6项，“十一·五”支撑项目6项、973子计划2项，国家自然基金项目60项，成为国内承担重大任务最多的中医医院。医院获得的科技成果奖160多项，其中部级、国家级科技进步奖74项，发明专利授权26项。