医院设30个临床科室，l2个医技科室，11个教研室，心血管内科、风湿病科、神经外科、骨科、临床与实验血液科、普通外科、检验科、医学影像科等专科保持领先地位。心血管内科是广东省唯一设在广州市以外的省级医学重点专科，同时也是汕头大学进入国家“211工程”和广东省“五个一科教兴医工程”重点学科。分子影像实验室是广东省唯一设在广州市以外的省部级医学重点实验室，也是全国医学影像专业唯一一所省部级重点实验室。
2009年，人力资源和社会保障部批准医院设立药学博士后科研流动站，标志着医院药理学研究及人才培养达到..
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